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DATE: CATEGORY:福祉・医療の情報・ニュース
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<講演会情報>
5月10日(火)18時45分から「なるほど なっとく介護」でおなじみの三好春樹さんの講演会開催
講師:三好春樹 参加費:3,000円

>>詳細はこちらから


ES細胞分化発現パターンを用いたリプログラミング細胞の品質評価

中国科学院のXiaopeng Zhu、Runsheng Chenらのグループにより、ES細胞分化の方向と分化間の細胞状態の変化を反映する二つの"developing lines"からなる、マウスおよびヒトの2-D "Differentiation-index coordinate"を用いた遺伝子発現プロファイルの評価によりiPS細胞の品質を測定する手法を開発したという論文が発表されました。

きちんとテトラで生まれるようなiPS細胞はES細胞に近いと判定されています。
マウスiPS細胞は概ねマウスES細胞に近いのに対し、ヒトiPS細胞はヒトES細胞と比べてバリエーションの幅が大きいようです。


PLoS One. 2011 Jan 11;6(1):e15336.
Estimating the quality of reprogrammed cells using ES cell differentiation expression patterns.
Zhang B, Chen B, Wu T, Tan Y, Qiu S, Xuan Z, Zhu X, Chen R.
Somatic cells can be reprogrammed to a pluripotent state by over-expression of defined factors, and pluripotency has been confirmed by the tetraploid complementation assay. However, especially in human cells, estimating the quality of Induced Pluripotent Stem Cell(iPSC) is still difficult. Here, we present a novel supervised method for the assessment of the quality of iPSCs by estimating the gene expression profile using a 2-D "Differentiation-index coordinate", which consists of two "developing lines" that reflects the directions of ES cell differentiation and the changes of cell states during differentiation. By applying a novel liner model to describe the differentiation trajectory, we transformed the ES cell differentiation time-course expression profiles to linear "developing lines"; and use these lines to construct the 2-D "Differentiation-index coordinate" of mouse and human. We compared the published gene expression profiles of iPSCs, ESCs and fibroblasts in mouse and human "Differentiation-index coordinate". Moreover, we defined the Distance index to indicate the qualities of iPS cells, which based on the projection distance of iPSCs-ESCs and iPSCs-fibroblasts. The results indicated that the "Differentiation-index coordinate" can distinguish differentiation states of the different cells types. Furthermore, by applying this method to the analysis of expression profiles in the tetraploid complementation assay, we showed that the Distance index which reflected spatial distributions correlated the pluripotency of iPSCs. We also analyzed the significantly changed gene sets of "developing lines". The results suggest that the method presented here is not only suitable for the estimation of the quality of iPS cells based on expression profiles, but also is a new approach to analyze time-resolved experimental data.



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